Селище Вапнярка виникло в 70-х роках ХІХ ст. з появаю Південно-Західної залізниці. Понад 100 років тому місцевість, де тепер селище, була вкрита лісом і чагарниками. Крім жител одного-двох лісників, ніяких будівель не було. Свою назву станція і селище дістали від сусіднього села Вапнярки, що лежить на віддалі 14 кілометрів.
Карта Ямпольського уєзда, Подільської губернії (920 kb) з "Настольного атласа А. Ф. Маркса, 1903 года" (http://rodmurmana.narod.ru)
Перша сторінка "Статуту Товариства Одесько-Київської залізниці" 1863 р.26 травня 1870 року почався регулярний рух пасажирських поїздів через Вапнярку. Після спорудження залізниці відкрилися нові поштові маршрути, один з них проходив від Тульчина до Вапнярки, яка на той час була невеликою залізничною станцією. Поруч неї виникло й селище. Коли в лютому 1899 року проклали залізничну лінію від Вапнярки до Христинівки, станція Вапнярка стала вузловою. Невдовзі тут побудували паровозне депо. Працювало в ньому на той час 270 чоловік, частина з них жила в селищі, решта — у навколишніх селах. З розширенням станції значно побільшало жителів селища. На початку XX ст. у Вапнярці було 85 дворів і 750 жителів. Відкрили пошту, телеграф, аптеку. Почав працювати паровий млин, тощо.
Графік руху поїзда цесаревича в 1895 р.
Станція Вапнярка 1880 р.
Залізничний вокзал кінця XIX ст.
У 1897 році на кошти Південно-Західної залізниці в селищі відкрили однокласне залізничне училище. Містилося воно у дерев'яному одноповерховому будинку. За навчання своїх дітей залізничники мали платити щорічно 4 крб. за дитину, а для решти жителів плата встановлювалася вдвічі більшою. Через високу плату за навчання дві третини дітей залишалося поза школою. У 1910 році училище закінчили лише 17 хлопчиків і 2 дівчинки.
Радянську владу в селищі проголошено тільки в січні 1918 року. Створений ревком очолив робітник У. М. Степанков. В лютому селище окупували німецькі війська.
Спокій тривав не довго. Коли на Україну посунули австро-німецькі війська, робітники залізничного транспорту одразу ж включилися у боротьбу проти іноземних загарбників.
В липні 1918 року всеукраїнський страйк залізничників охопив і Вапнярку. Німецьким загарбникам все важче ставало транспортувати свої війська. В листопаді загони Червоної Армії за допомогою місцевих жителів визволили селище від окупантів. Але на зміну німцям прийшла Директорія. 28 березня 1919 року в районі Вапнярки — Бірзули (нині місто Котовск) вибухнуло протистояння між петлюрівцями і червоногвардійцями. Влада перейшла до військово-революційного комітету. Через три дні на підмогу повстанцям до Вапнярки вступили радянські війська.
До складу новоствореного ревкому увійшли: У. М. Степанков, Д. Т. Сільницький, П. Г. Дикий, 3. І. Дашківський та ін. В липні 1919 року Вапнярку захопили петлюрівці. До кінця року станція кілька разів переходила з рук у руки. Петлюрівці зазнали поразки. Навесні 1920 року селище окупували польські інтервенти. 22 червня радянська армія остаточно взяла селище.
Швидко налагоджувалася робота залізничного вузла. Депо станції Вапнярка вийшло переможцем у змаганні по ремонту паровозів Південно-Західної залізниці. У відновленні роботи депо значну роль відіграв С. В. Гандзей, який раніше працював слюсарем вагонного депо Одеси. Він прибув до Вапнярки влітку 1921 року для налагодження руху на залізничному транспорті. Скоро він став начальником депо і працював тут до 1924 року.3 1923 року Вапнярка — районний центр (районним центром Вапнярка була до 1930 року, потім увійшла до складу Томашпільського району). Першим секретарем райкому партії обрали С. В. Гандзея, начальника депо.
В селищі запрацювали культосвітні заклади. Початкова школа з 1923 року стала семирічною. 1923 року відбувся перший випуск слухачів лікнепу.
Підводячи підсумки відбудови господарства, в листопаді 1925 року в селищі провели свято врожаю. На виставці демонструвались досягнення сільського господарства та промислових підприємств.
За роки довоєнних п'ятирічок Вапнярка розвивалась не тільки як залізничний вузол. Тут з'явилися різні підприємства — електростанція, нафтобаза, елеватор, маслозавод, круп'яний завод, різні майстерні МТС.
Зростало й залізничне господарство. Побудували нове приміщення пасажирської станції, нове вагонне та паровозне депо.
3 розвитком господарства упорядковувалося й селище Вапнярка. Швидко здійснювалось житлове й культурно-побутове будівництво. З'являлися нові вулиці, квартали. Кількість його жителів перевищила 2100 чоловік.
Перший комбайн на полях Вінничини, с. Вапнярка. 1934 р.
Значні зрушення сталися і в медичному обслуговуванні населення. Працювали лікарня, амбулаторія, жіноча та дитяча консультації.
Чималих успіхів було досягнуто в галузі освіти й культури. Семирічна школа, яка мала інтернат на 30 місць, з 1935 року перетворилася в десятирічку, а наступної осені відкрилися ще дві середні школи, в яких навчалося вже близько двох тисяч дітей.
Розгорталася мережа культосвітніх закладів. Працювали селищна та залізнична бібліотеки, два кінотеатри. При клубі залізничників діяли гуртки — драматичний, музичний, гігієни тощо.
Під час ВВВ на плечі залізничників Вапнярки лягло складне й відповідальне завдання: забезпечити безперебійне просування поїздів через станцію, військ, бойової техніки на фронт, людей і матеріальних цінностей в глиб країни. Станцію нещадно бомбила ворожа авіація. Багато потрудилися тоді працівники 4-ї дистанції колії під керівництвом начальника станції І. Я. Іваненка.
22 липня 1941 року селище окупували фашисти.
Частини 2-ї танкової армії 2-го Українського фронту 16 березня 1944 року визволили Вапнярку.
У боях за Вапнярку відзначились танкісти генерал-лейтенанта С. І. Богданова, підрозділи генерал-лейтенантів Ф. Ф. Жмаченка й С. Г. Трофименка. На ознаменування здобутої перемоги з'єднанням і частинам, що найбільше відзначилися в боях за визволення Вапнярки, наказом Верховного Головнокомандуючого присвоєно найменування «Вапнярських», а 180-а стрілецька дивізія нагороджена орденом Червоного Прапора. 16 березня 1944 року Москва від імені Батьківщини салютувала доблесним військам 2-го Українського фронту, які оволоділи залізничним вузлом і селищем Вапняркою, двадцятьма артилерійськими залпами із 124 гармат. На честь перемоги Радянської Армії над фашистською Німеччиною в 1954 році в селищі споруджений пам'ятник-обеліск. Жителі Вапнярки свято шанують тих, хто віддав своє життя за їх визволення. На братській могилі, де поховані 106 радянських воїнів, трудящі встановили у 1965 році пам'ятник.
Пам'ятник-обеліск встановлений в 1954 р.
Пам'ятник на братській могилі встановлений в 1964 р.
Вже 28 березня 1944 року відновився рух поїздів на залізничній колії між станціями Вапнярка й Могилів-Подільський.
Відбудовчі роботи здійснювалися у важких умовах. Ворог намагаючись перешкодити роботі на залізниці, не припиняв бомбардування. Лише в травні 1944 року відбулося 17 великих авіанальотів, в результаті чого зазнали руйнувань міст, паровозне й вагонне депо, казарми, житлові будинки, три гідроколони. Великих руйнувань зазнали складальний та механічний цехи, на підході до станції були пошкоджені 8 стрілочних постів тощо.
До кінця 1944 року робітники полагодили 20 км залізничного шляху, побудували новий міст, відремонтували 22 паровози, 2 зали пасажирського вокзалу, житлові й службові приміщення, електромережу, котельний пункт.
Почалося будівництво залізничного клубу силами громадськості (старий клуб знищили). Майже щодня тут працювали робітники й службовці селища. Не вистачало електричного освітлення. 18-кіловатна станція не забезпечувала потреби вузла. Зусиллями робітників потужність станції скоро було збільшено у три рази.
За час окупації фашисти перетворили середню школу на купу руїн, а від залізничної школи лишився напівзруйнований будинок. Вчителі, учні й батьки спільними силами взялися за відбудову шкіл. Жителі на громадських засадах виготовляли парти й столи. 15 квітня 1944 року в середній школі селища почалося навчання.
Відбудована залізнична школа №65 (в даний час №1).
З 1945 року стали до ладу залізничний вокзал, нафтобаза, пошта, залізнична лікарня тощо.
Приблизно в 1970 році було збудовано новий (на той час) вокзал.
Залізничний вокзал станції Вапнярка 1970 р.
Він був розрахований на 500 місць, його площа 9800 кв. м. Значно розширено й перебудовано естакаду під перевантаження гравію з вузької колії на широку, встановлено два електрокозлові крани для обробки вантажів, обладнано контейнерний майданчик. Станція мла напівавтоматичне блокування. Всі паровози замінені тепловозами. Стрілочне господарство електрифіковане.
Значним підприємством у Вапнярці є комбінат хлібопродуктів. Він почав працювати у грудні 1949 року як круп'яний завод. На комбінаті розширено складські приміщення, всі роботи механізовано.
Ще з 1958 року почав давати продукцію хлібозавод. Це велике устатковане найновішими машинами і механізмами підприємство. Всі виробничі процеси від просівання борошна до виходу готового печеного хліба механізовано.В 90-х роках воно було закинуто і розграбовано і лише в кінці 2006-2007 роках перейшло в приватні руки і знову запрацювало в 2007 році.
Працював в селищі промкомбінат видобутку вапнякового каменю й випалювання вапна. У 1956 році на базі промислової кооперації було організовано Томашпільський райпромкомбінат. На даний момент доля цього підприємства невідома.
Вапнярське об'єднання «Сільгосптехніки» виконувало багато замовлень навколишніх колгоспів і радгоспів. Усі майстерні були обладнані новими механізмами, встановлено козловий кран. Споруджено кілька складів для збереження мінеральних добрив. У 1970 ювілейному році підприємство в змаганні посіло перше місце в районі, і йому вручено перехідний Червоний прапор РК КП України та райвиконкому.
В перебудові селища провідне місце посідає Вапнярське будівельне управління шляхбудтресту Одесько-Кишинівської залізниці. Воно мало 8 комплексних бригад і 3 спеціалізовані колійні бригади. Будівельники спорудили вокзал, школу, лікарню, гуртожиток, десятки житлових та господарських приміщень, дитячі ясла тощо.
Осередками культурно-виховної роботи трудівників селища й колгоспників навколишніх сіл були клуби: залізничний та комбінату хлібопродуктів.
Був у селищі радгосп «Вапнярський». Це спеціалізоване господарство для відгодівлі свиней. Всі приміщення, де утримувались тварини, кормокухня оснащені досконалими механізмами. Радгосп мав 132 га землі, що забезпечувало йому можливість створювати запаси кормів. Тут щороку відгодовують по 4—4,5 тис. свиней. У Вапнярці працювало дві денні й одна вечірня середні школи. Вони мали навчальні кабінети, спортивні зали, виробничі майстерні. На 1970 рік середню освіту здобули понад 1000 юнаків і дівчат. З числа випускників вчителями стали — 318 чоловік, інженерами й техніками — 104, лікарями — 84, агрономами — 8 чоловік. Є юристи, офіцери Радянської Армії, водії повітряних лайнерів. Випускники Вапнярської середньої школи В. Д. Білик—кандидат медичних наук, М. І. Коперсак — кандидат технічних наук.
Були у Вапнярці бібліотеки, яких 1970 року в селищі працювало шість.
Організовано забезпечення мешканців селища продуктовими, промисловими й іншими товарами. Працювали у Вапнярці 40 торговельних пунктів, з них 11 — громадського харчування
